Le droit français sur les espèces protégées trouve ses fondements dans la législation européenne, notamment la directive 2009/147/CE du 30 novembre 2009, appelée « directive Oiseaux », et la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992, connue sous le nom de « directive Habitats ». Ces directives régissent la conservation des oiseaux sauvages ainsi que celle des habitats naturels et de la faune et flore sauvages. Les articles 5 de la directive Oiseaux et 12 de la directive Habitats exigent des États membres l'instauration d'un système de protection rigoureux des espèces et des habitats. Ainsi, il est interdit de capturer et d’abattre intentionnellement des spécimens de ces espèces, de perturber intentionnellement ces espèces, de détruire ou de collecter intentionnellement des œufs dans leur environnement naturel et de dégrader ou de détruire des sites de reproduction ou des zones de repos.
Toutefois, les États membres sont autorisés à déroger à ce régime de protection strict sous certaines conditions et pour des motifs spécifiques, conformément à l'article 9 de la directive Oiseaux et à l'article 16 de la directive Habitats.
Le droit français met en place une interdiction de détruire ou perturber les espèces protégées et leurs habitats, tout en autorisant des dérogations à cette interdiction, conformément aux règles européennes. Ainsi, ces directives européennes ont été transposées au travers des articles L. 411-1, I et L. 411-1, I du Code de l'environnement. Le premier pose le principe de non atteinte aux espèces protégées tandis que le second plante le décor du régime dérogatoire autorisant l'administration à accorder des dérogations aux interdictions énoncées aux 1º, 2º et 3º de l'article L. 411-1.
Ce cadre législatif va permettre aux porteurs de projets dont le projet est susceptible de comporter un risque d’impact pour les espèces protégées de faire une demande de dérogation d’espèces protégées. Cette situation ne contraint pas automatiquement le pétitionnaire à obtenir une dérogation pour ses travaux. Elle implique simplement que l'administration devra examiner de manière approfondie les circonstances pour déterminer si une dérogation est requise pour autoriser les travaux du pétitionnaire. Cette situation crée une insécurité juridique qui ne dit pas nom dans la mesure où il est laissé au porteur de projet la liberté de faire la demande de dérogation espèces protégées s’il estime que son projet comporte un risque d’impact pour ces dernières. Dans le même temps, le porteur de projet qui estime que son projet ne nécessite pas la demande d’une dérogation d’espèces protégées s’expose à la suspension ou à l’arrêt de ses travaux en cas d’avis contraire des autorités de contrôle administrative. Les développeurs éoliens ne sont pas à l'abri de cette situation. Les projets éoliens peuvent affecter diverses espèces protégées, tant pendant la construction que pendant leur fonctionnement, notamment les coléoptères, reptiles, petits mammifères, oiseaux nicheurs, les chauves-souris et bien d’autres. Il apparaît donc impératif pour les développeurs éoliens d’avoir une idée claire sur le niveau d'atteinte pouvant conduire à l'obligation de demander une dérogation espèces protégées. A ce stade, ne seront pas évoquées les conditions d’octroi de la dérogation “espèces protégées”.
Quel est le seuil de tolérance de l’impact au-delà duquel le développeur éolien a l’obligation de solliciter une dérogation espèces protégées? Répondre à cette question nécessite
d'analyser les critères successifs et cumulatifs de déclenchement de l’obligation de demande de dérogation espèces protégées clarifiées par le Conseil d’Etat (I) ; critères qui font bénéficier aux autorités de contrôle d’une grande marge d’appréciation.

I. Les critères successifs et cumulatifs de déclenchement de l'obligation de demande de dérogation espèces protégées

Lors d'un différend où l'association Sud-Artois pour la protection de l'environnement contestait la création d'un parc éolien dans le Pas-de-Calais, la cour administrative d'appel de Douai a adressé deux questions au Conseil d'État concernant le régime de la dérogation « espèces protégées » défini à l'article L. 411-2, 4º, du Code de l'environnement. A cet effet, le Conseil d'État, dans un avis rendu le 9 décembre 2022 a dégagé des critères qui d’une part sont liés à la présence de spécimens de l’espèce protégée dans la zone de projet (A) et d’autre part sont liés au risque d’impact qui doit être “suffisamment caractérisé” (B).

A. Liés à la présence de spécimens de l’espèce protégée dans la zone de projet

Lorsque la réalisation d'un projet menace des espèces protégées ou leur habitat, une dérogation spéciale est requise. Les projets éoliens à risque zéro sont quasi inexistants. Ainsi, la détection de spécimens d'espèces protégées dans la zone d’un projet éolien est un élément déclencheur pour entamer le processus de demande de dérogation. Il n’y a donc pas de débat en ce qui concerne la réalité de l’impact. Toutefois, il subsiste un flou juridique en ce qui concerne la nature de l’impact. Le porteur de projet doit-il prendre en compte le nombre de spécimens de l’espèce protégée? Doit il tenir compte de leur état de conservation ? La société Parc éolien du Sud Artois a obtenu une autorisation environnementale pour construire et exploiter un parc éolien comprenant huit éoliennes et trois postes de livraison, par un arrêté préfectoral du 7 mai 2020. Cependant, l'association Sud-Artois pour la protection de l'environnement et d'autres parties ont contesté cette autorisation devant la justice, arguant que celle-ci ne dispensait pas de la nécessité d'obtenir une dérogation pour prévenir toute atteinte aux espèces protégées, comme prévu par l'article L. 411-2 du code de l'environnement.
En effet, l'étude d'impact du projet a démontré que les éoliennes autorisées pouvaient conduire à la disparition de certains individus d'oiseaux et de chiroptères, qui font partie des espèces dont la destruction du milieu naturel est prohibée. La cour administrative d'appel de Douai, face à ces nouveaux enjeux juridiques, a opté pour le report de sa décision et a demandé au Conseil d'État d'examiner cette question de droit soulevée à savoir:
Lorsqu'une demande d'autorisation environnementale est soumise à l'autorité administrative selon l'article L. 181-1 du code de l'environnement, doit-elle exiger une dérogation si le projet peut impacter même un seul spécimen ou habitat protégé, ou cela doit-il affecter une part significative de ces espèces ou habitats, en considérant leur nombre et leur niveau de protection ? Le Conseil d’Etat saisi de cette question a précisé que l'obligation de demander une dérogation est déclenchée dès que « des spécimens de l'espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l'applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l'état de conservation des espèces protégées présentes ». Autrement dit, la seule présence de spécimens d’espèce protégée suffit à déclencher l’obligation de demande de dérogation espèces protégées. Il n’est pas nécessaire de s’attarder sur la question du nombre de ces spécimens. Il apparaît que la simple "potentielle" présence de ces spécimens n'est pas suffisante. Il est nécessaire qu'il y ait une confirmation de l'existence d'une zone de nidification pour conclure à leur présence. Aussi, l’applicabilité du régime de protection est indifférente à l’état de conservation des espèces protégées. Même un spécimen mort pourrait être considéré comme étant présent dans la "zone du projet". C’est une approche assez restrictive qui a été retenue. L’appréciation de l’impact se fait du point de vue des individus de l’espèce et non pas de l’espèce.
Toutefois, il est nécessaire de souligner que la Cour de justice de l’Union Européenne a jugé dans un arrêt du 4 mars 2021 que l’article 5 de la directive oiseaux s’oppose à une pratique nationale en vertue de laquelle les interdictions prévues à cette disposition ne concernent que les espèces énumérées à l’annexe 1 de cette directive. Il n’est pas question de dire que toutes les espèces mêmes communes relèvent du régime de protection des espèces mais que les obligations de protection existent avant même qu’une diminution du nombre d’oiseaux soit constatée ou que le risque d’extinction d’une espèce d’oiseaux protégés se soit concrétisé. Lorsque les signaux sont négatifs, il faut agir d’emblée pour éviter que cette espèce devienne une espèce protégée.

B. Liés au risque d'impact: un risque suffisamment caractérisé pour les espèces protégées

Dans la suite des éclaircissements sur les conditions déclenchant l'obligation de demander une dérogation, le conseil d’Etat a évoqué un critère lié au risque d’impact. Lorsque la présence d’un ou plusieurs spécimens est détectée dans la zone du projet, le porteur de projet doit évaluer si les mesures d'évitement et de réduction proposées suffisent à caractériser le risque. En effet, le conseil d’Etat a indiqué que le porteur de projet devra solliciter la dérogation espèce protégée « si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé ». Ainsi, un simple risque, qu'il soit positif ou négatif, ne conduit pas automatiquement à une obligation de dépôt. En d'autres termes, la simple possibilité qu'un événement se produise ne constitue pas en soi un "risque suffisamment caractérisé". Par ailleurs, le Conseil d’Etat estime qu’une simple identification d’un risque d’impact résiduel négligeable ne suffit pas à conduire à la nécessité du dépôt de la dérogation. Il faut apprécier si le risque est “suffisamment caractérisé”. La proposition faite par le rapporteur public dans ses conclusions sur l’avis rendu par le Conseil d’Etat sont ainsi remises en cause. Il avait proposé que le pétitionnaire ne soit dispensé de l’obligation de demande de dérogation espèces protégées « que dans la mesure où le risque d’atteinte portée aux espèces protégées, évalué en fonction du degré de fréquentation du site par ces espèces, de leur comportement et de leur vulnérabilité aux techniques mises en œuvre, tombe à un niveau si réduit qu’il puisse être regardé comme accidentel; un niveau, situé quelque part entre « faible » et « infinitésimal ».
Le Conseil d’Etat a validé des arrêts de certaines cours administratives d’appel retenant qu’un impact résiduel moyen, autrement dit supérieur à négligeable et supérieur à faible, ne déclenche pas l’obligation de demande de dérogation espèces protégées. Tel a été le cas dans un arrêt n°460-798 du 17 février 2023 rendu par le Conseil d’Etat où il a retenu que la dérogation espèces protégées n’était pas nécessaire alors qu’a été signalé un risque d’impact résiduel au dérangement faible à modéré et un risque d’impact résiduel par collision modéré. Cette solution a été également retenue dans l’affaire CAA Douai, 25 janvier 2023, nº 21DA01303, Société Parc éolien du mont Hellet. C’est l’impact résiduel sur les espèces qui est pris en compte. Lorsqu’il est faible à modéré, il n'est généralement pas considéré comme suffisamment caractérisé en pratique. Cette jurisprudence a été particulièrement remarquée dans le contexte des énergies renouvelables, plus précisément en ce qui concerne les projets éoliens.
Le Conseil d’Etat a apporté des éclaircissements considérables en ce qui concerne les critères déclenchant l’obligation de demande de dérogation mais n’a pas voulu aller plus loin que ça. Toutefois, il faut noter que le critère du risque suffisamment caractérisé s’apprécie en tenant compte des mesures d’évitement et de réduction d’impact dans l’évaluation du risque
d’impact. Le critère de l’impact suffisamment caractérisé va permettre aux différents juges administratifs de faire une appréciation casuistique.

II. Une importante marge d’appréciation des autorités de contrôle

Les critères dégagés par le Conseil d’Etat permettent d’inclure les mesures d’évitement et de réduction d’impact dans l’évaluation du risque d’impact (A) et renforce le pouvoir d’appréciation des autorités de contrôle (B).

A. L’inclusion des mesures d’évitement et de réduction d’impact dans l’évaluation du risque d’impact

Les mesures d’évitement et de réduction d’impact sont prises en compte dans l’évaluation du risque suffisamment caractérisé. En effet, la deuxième question de la cour administrative d’appel de Douai au conseil d’Etat était de savoir si l'autorité administrative est tenue de considérer la probabilité de concrétisation du risque d’atteinte aux espèces protégées, ainsi que les effets anticipés des mesures présentées par le demandeur afin de minimiser les conséquences du projet. Le Conseil d'État a statué que la demande de dérogation espèces protégées n'est pas requise lorsque les mesures d'évitement et de réduction proposées par le porteur de projet « présentent, sous le contrôle de l'administration, des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu'il apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé ». Il ressort de l’avis du conseil d’Etat que si l'opérateur parvient à instaurer des mesures d'évitement et de réduction avec des garanties d'efficacité, réduisant ainsi le risque pour les espèces protégées au point qu'il ne soit pas suffisamment établi, la dérogation espèces protégées ne sera pas nécessaire. Une dérogation devient donc indispensable lorsque les mesures de protection proposées ne parviennent pas à réduire efficacement le risque pour les espèces concernées. A ce stade, il faut distinguer les mesures d’évitement et de réduction des mesures de compensation. Les mesures de compensation sont mises en place après que l'atteinte à la biodiversité s'est produite. Autrement dit, elles interviennent à postériori. En revanche, les mesures d'évitement sont conçues pour éliminer le risque dès le départ, tandis que les mesures de réduction sont destinées à atténuer l'impact sur une période donnée. A ce sujet, le rapporteur public a pu souligner que la nécessité de mettre en place des mesures de compensation sous-entend qu'il existe une atteinte caractérisée, ce qui conduit inévitablement à la demande de dérogation. Il résulte de ce qui précède que les mesures d’évitement et de réduction d’impact doivent présenter deux caractéristiques à savoir être des garanties d’effectivité et diminuer le risque. Il est à souligner que le ministère de la Transition écologique propose une gamme d'outils et de guides visant à soutenir les porteurs de projets et à guider les instructeurs dans leur approche au cas par cas. Parmi ces ressources, le guide « Espèces protégées, aménagements et infrastructures » se révèle particulièrement utile. A cet effet, dans une décision n°463249 du 8 mars 2024, le Conseil d’Etat en sa 5ème et 6ème chambres réunies a jugé que la Cour d’Appel de Bordeaux a commis une erreur en ce sens qu’elle a considéré que seules les mesures d’évitement projetées devaient être prises en compte pour apprécier la nécessité de la dérogation prévue à l’article L.411-2 du code de l’environnement et que les mesures de bridage prévues représentant des mesures de réduction étaient sans incidence sur l’appréciation. Ceci explique mieux le fait que dans certains cas, des mesures administratives additionnelles prises pour enrichir les évaluations d'impact de projets spécifiques permettent d’écarter la nécessité d’une demande de dérogation, car les actions prises par le demandeur, telles que les mesures d'évitement et de réduction, ont réduit le risque potentiel pour les espèces protégées à un niveau où il n'était plus considéré comme suffisamment caractérisé.
Tel a été le cas dans l’affaire nº 21LY00407, décision rendue par la CAA Lyon le 15 déc. 2022.
En cas d'insuffisance des mesures d’éviction et de réduction, le préfet pourrait exiger que l'exploitant dépose une demande de dérogation, voire assortir cette exigence de mesures conservatoires, pouvant aller jusqu'à la suspension de l'activité concernée, en attendant une décision sur la nouvelle situation engendrée par la présence des espèces.

B. Le pouvoir d’appréciation des autorités de contrôle

Les critères de déclenchement de l’obligation de demande de dérogation espèces protégées dégagés par le Conseil d’Etat renforcent le pouvoir de contrôle des autorités administratives. Il faut noter que la délivrance de l’autorisation relève des pouvoirs du préfet et non du maire. Qu’il s’agisse du préfet ou du juge, les pouvoirs d’appréciation du seuil de déclenchement de l’obligation de dépôt de la demande de dérogation espèces protégées sont assez importants. En effet, le fait que les critères amènent une évaluation casuistique des seuils fait appel à la faculté d’interprétation.
En effet, il pèse sur le développeur éolien la lourde charge de la décision de procéder au dépôt de la dérogation ou pas; la liste des espèces protégées étant fixée par décret. Toutefois, l’autorité administrative peut intervenir au cas où il considérerait qu’un ou plusieurs spécimens d’espèces protégées sont présents sur la zone de projet. Par ailleurs, un juge administratif, sollicité par des riverains ou une organisation de défense de l'environnement, pourrait conclure que le projet nécessite une dérogation pour les espèces protégées. Cette situation pourrait conduire à la suspension ou à l’arrêt des travaux du développeur éolien. En outre, en ce qui concerne les mesures d’évitement et de réduction, l’autorité administrative a tous les pouvoirs pour évaluer l’effectivité et l’impact réel de diminution du risque. Ainsi, lorsque les prescriptions complémentaires ne sont pas suffisantes, une dérogation peut s'avérer nécessaire. Le préfet peut même être tenu de mettre en demeure l'exploitant de déposer la dérogation espèces protégées, voire d'assortir cette mise en demeure de mesures conservatoires pouvant aller jusqu'à la suspension de l'activité en cause dans l'attente de statuer sur la nouvelle situation créée par l'apparition des espèces.
Il y a différentes approches en ce qui concerne la prise en compte des mesures d’évitement et de réduction dans l’appréciation du risque suffisamment caractérisé de l’impact. La Cour administrative d'appel de Bordeaux a adopté une approche casuistique dans un arrêt n°22BX01324, Société EDF-PEI du 7 février 2023 en estimant que la construction d'une centrale électrique au Larivot en Guyane ne nécessitait pas de demande de dérogation, malgré la présence d'espèces protégées sur le site. Cette décision s'est fondée sur le fait qu'aucun spécimen ne serait détruit, car les espèces concernées ont la capacité de s'échapper, et que leur habitat serait préservé pendant la phase de construction de la centrale. La cour administrative d'appel de Bordeaux quant elle dans un arrêt nº 20BX03058 du 22 décembre 2022, Commune de Sainte-Livrade-sur-Lot, a considéré que « si l'étude d'impact prévoit que les travaux seront réalisés en période automnale ou hivernale pour limiter le dérangement de la faune présente et reproductrice sur le site, cette seule mesure ne permet pas de diminuer le risque pour les espèces, et notamment pendant la période d'hibernation des reptiles au point qu'il apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé ».
Ces divergences d’approche peuvent contribuer à créer un climat d’insécurité juridique et à retarder bon nombres de projets éoliens.
Le juge pénal ne reste pas en marge. Un porteur de projet qui a légitimement évité de demander une dérogation pour les espèces protégées en se conformant aux critères
jurisprudentiels, que ce soit parce qu'aucun spécimen n'a été repéré dans la zone du projet ou que l'impact résiduel sur les espèces identifiées est minime, cela ne le préserve pas de la responsabilité pénale en cas de destruction d'un spécimen. Cette situation est constitutive de délit. Et La simple constatation de la destruction d'un spécimen d'une espèce protégée constitue en soi une faute d'imprudence, ce qui implique l'existence de l'élément moral du délit. Ce fut le cas dans un arrêt de la troisième Chambre Civile, arrêt nº 21-86.965 du 18 nov. 2022, Sté EDF Renouvelables France.







Sources
Bulletin du Droit de l'Environnement Industriel, Nº 104, 1er mars 2023 Dérogation « espèces protégées »
CE, Avis, 9 décembre 2022, nº 463563 Interview de Maître Jean-Pierre Boivin, Directeur scientifique du BDEI
Le Droit Maritime Français, Nº 859, 1er juillet 2023 Espèces protégées et ouvrages maritimes
Bulletin du Droit de l'Environnement Industriel, Nº 103, 1er janvier 2023 Dérogation espèces protégées : le cadre juridique est précisé par avis du Conseil d'État
Liens utilisés
https://www.legifrance.gouv.fr/ceta/id/CETATEXT000049252255?init=true&page=1&query =&searchField=ALL&tab_selection=cetat
https://www.conseil-constitutionnel.fr/actualites/communique/decision-n-2023-1066-qpc-du 27-octobre-2023-communique-de-presse
https://www.legifrance.gouv.fr/ceta/id/CETATEXT000046732849