La taxation desdits produits, utilisés comme carburant ou combustible, est actuellement basée sur le volume d’énergie consommée. Le projet de directive propose un double niveau de taxation :

▪ afin d’éliminer les distorsions actuelles de concurrence entre les sources d’énergie (essence et diesel), le premier niveau de la taxe sera basé sur le contenu énergétique d’un produit (en Gigajoules), c'est-à-dire la quantité d’énergie qu’il est susceptible de produire. Les taux minimum seront fixés à 9,6 euros/ GJ pour les carburants et 0,15 euros/ GJ pour les combustibles. Ainsi, les produits concurrents seront soumis aux même taux minimum.
▪ dans un souci de lutte contre le réchauffement climatique (à titre d’exemple, en France, les émissions diffuses représentent environ 25% des rejets de CO2 français) et pour compléter l’actuel marché européen de quotas de gaz à effet de serre (GES), le second niveau de la taxe prendra en compte les émissions de CO2 qu’entrainent lesdits produits. Le taux minimum s’élèvera à 20 euros/ tonne de CO2 émis. Seuls les secteurs non couverts par l’European Trading Scheme (ETS) seront soumis à ce second niveau de taxation, pour les autres, les quotas n’étant plus gratuits à compter de 2013, ils seront exemptés. Les Etats membres seront libres d’augmenter ou non ces taux. L’étude d’impact, présentée avec le projet de la Commission, montre l’effet potentiel de cette taxation sur la baisse des émissions de CO2 de l’Union - une réduction de 2% des émissions totales de l’Union et de 4% des émissions ne relevant pas de l’ETS (soit 92 millions de tonnes de CO2).

Dans l’immédiat, la taxe ne sera pas applicable aux biocarburants et aux énergies renouvelables. Les secteurs économiques déjà soumis à l’ETS seront automatiquement exemptés de la taxe. Contrairement à l’ancien projet de taxe carbone, les Etats auront la possibilité d’exonérer les ménages sur l’énergie utilisée pour le chauffage.
Elle prévoit également une période de transition (2020) pour certains pays membres.
Pour autant les exonérations sont limitées. Ainsi le projet ne fait pas de différence entre l’usage commercial et l’usage privé du gazole utilisé comme carburant.

Malgré les avantages que présente le projet, la taxe carbone n’est pas acceptée par tous les pays. Certains pays nordiques, qui appliquent déjà une forme de taxation du carbone au niveau national, ne souhaitent pas son adoption. La mise en œuvre d’une taxe carbone harmonisée au niveau européen est encore incertaine, d’autant plus lorsqu’on sait que l’adoption d’une telle mesure fiscale est soumise à l’unanimité des 27.