Le 10 septembre 2019, le groupe de reflexion France Biométhane publie un communiqué pour alerter le Gouvernement sur les dispositions du texte relatives à cette énergie qui pourraient, selon lui, compromettre l'avenir de la filière.
Les axes de contestations sont les suivants :

- Tout d'abord, les spécialistes estiment "préjudiciable" le changement du système actuel concernant les garanties d'origine : le projet de loi prévoit de passer d'un système de rémunération des producteurs de biométhane par les acheteurs de gaz et d'une rétrocession d'un bonus au titre des garanties d'origine, à un système où l'Etat serait propriétaire des garanties d'origine pour ensuite les céder aux fournisseurs de gaz via des enchères. Or, les projets actuellement en développement miseraient sur cette recette pour se financer. "Pour accompagner ce changement sans compromettre le développement du secteur, France Biométhane demande que les dispositions précises du nouveau mécanisme soient élaborées en concertation avec la filière", indique le communiqué.

- La remise en cause des mécanismes de soutien au secteur constitue l'autre sujet d'inquiétude, dans le projet de Programmation pluriannuelle de l'énergie (PPE), un objectif de rachat du biométhane à 67 € le MWh a été annoncé pour 2023. D'après France Biométhane, une telle décision impacterait l'essor des projets à l'échelle nationale, le groupe avançant le chiffre de 500 dossiers remis en cause : "En effet, ces projets ne voient le jour qu'à l'issue d'un cycle de développement long et coûteux (près de 5 ans et plusieurs centaines de milliers d'euros investis) articulé sur la base d'un tarif d'achat du gaz connu à l'avance". Toujours selon les calculs de l'organisation, chaque projet d'installation biométhane représenterait entre 3 à 10 millions d'investissements pour la construction, et une dizaine d'emplois créés dans des territoires ruraux. "L'arrêt de 500 projets entraînerait une perte sèche de 3 milliards d'euros d'investissements et de plus de 3.000 emplois dans la filière.

- Enfin, le groupe de réflexion France Biométhane attire l'attention des pouvoirs publics sur les "externalités positives" induites par les installations de ce type d'énergie, aussi bien dans les domaines économiques que social et environnemental. "Le développement de la filière biogaz répond à de nombreux enjeux de nos territoires et fournit des services-clés pour notre société. La méthanisation permet ainsi de valoriser localement la quasi-totalité des matières organiques de nos territoires", jugent les deux présidents de l'organisation, Pierre de Froidefond et Alain Planchot. "Elle contribue à réduire l'impact carbone de la collecte et du transport de déchets et permet de consommer sur place un gaz vert produit localement. La méthanisation répond également aux besoins du monde agricole en produisant un fertilisant naturel et un amendement organique pour maintenir la qualité des sols. Ces services rendus par la filière à nos territoires doivent être pris en compte dans la structuration du financement de la méthanisation."

D'ici la mi-octobre 2019, le groupe de réflexion doit publier son troisième livre blanc afin de présenter ses propositions en la matière.