Il est possible de détruire une espèce protégée dans des cas limitativement énumérés (art L.411-2 Code de l’environnement), notamment l’absence de solution alternative satisfaisante. Cette condition de fond est discutable d’où des approches contraires du préfet, en charge d’attribuer les dérogations, et les Associations en charge de la protection de l'environnement. Le juge arbitre les débats et apprécie au fond les conditions de dérogations.

Par principe, il est interdit de détruire une espèce protégée. Par exception, l’article L.411-2 du Code de l’Environnement pose des dérogations à des conditions cumulatives.

Dans un arrêt du 24 juillet 2019, le juge de cassation confirme ici le raisonnement de la Cour administrative d’appel qui avait annulé l’arrêté du 29 août 2013 du préfet de la Haute-Garonne portant autorisation de destruction, altération, dégradation d'aires de repos et/ou de reproduction d'espèces protégées dans le cadre de la réalisation d’un centre commercial. Après avoir rappelé le cadre legal applicable au cas d’espèce, il valide la motivation retenue par la Cour administrative d’appel et par le Tribunal.

Cadre légal applicable à la destruction d’espèce protégées :

Aux termes de l’article L.411-1 du Code de l’Environnement :
« Lorsqu'un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l'écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits :

1° La destruction ou l'enlèvement des oeufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d'animaux de ces espèces ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ;

2° La destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement de végétaux de ces espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle biologique, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat, la détention de spécimens prélevés dans le milieu naturel ;

L’article L.411-2 valide cette destruction si certaines conditions cumulatives sont réunies :
- l'absence de solution alternative satisfaisante,
- ne pas nuire « au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle »
- justifier de la dérogation par l'un des cinq motifs qu'il énumère limitativement

Interprétation au fond par le juge :

En l’espèce, le juge valide l’arrêt de la Cour administrative d’appel et annule l’arrêté d’autorisation du préfet. Le projet de centre commercial, bien qu’ayant vocation à favoriser l'animation urbaine dans la zone, et aurait permis la création de plus de 1500 emplois, ne répondait pas à une raison impérative d'intérêt public majeur justifiant les atteintes à la protection des espèces.

Sources :
Article L.411-1 Code de l’Env.
Article L.411-2 Code de l’Env.
Contrôle du juge sur l'octroi d'une autorisation de destruction d'espèces protégées – Conseil d'Etat 24 juillet 2019 – AJDA 2019. 1605