Les programmes de surveillance sont applicables depuis le 22 décembre 2006. Ces programmes sont eux-mêmes composés de différents sous-programmes : suivis quantitatifs, contrôles de surveillance, contrôles opérationnels... pour chacun des bassins.


L’article R. 212-22 dispose du code de l'environnement que :
« Le préfet coordonnateur de bassin établit, après avis du comité de bassin recueilli dans les conditions fixées au premier alinéa de l'article R. 212-19, un programme de surveillance de l'état des eaux qui définit l'objet et les types des contrôles, leur localisation et leur fréquence ainsi que les moyens à mettre en œuvre à cet effet. Le programme de surveillance comprend des contrôles particuliers sur les masses d'eau risquant de ne pas atteindre les objectifs mentionnés au IV de l'article L. 212-1.

Le programme de surveillance est régulièrement mis à jour après consultation du comité de bassin.

Un arrêté des ministres chargés de l'environnement et de la santé définit les modalités d'application du présent article. Il précise notamment les paramètres et les méthodes de contrôle à mettre en œuvre dans le cadre du programme de surveillance de l'état des eaux. »


En application de cet article, l’arrêté du 17 octobre vient effectuer une modification des éléments pertinents de la qualité de l’état écologique des eaux de surfaces. En effet un panel plus grand de substances sera recherché dans les eaux de surfaces, les méthodes et les taux de concentration seront revus. Les méthodes d'analyse des échantillons des éléments de qualité écologique pour les cours d'eau et les plans d'eau de métropole et d'outre-mer sont aussi modifiées.

C’est en tout quinze annexes qui complètent l’arrêté du 25 janvier 2010, le tout mis en place par l’arrêté du 17 octobre 2018. Celles-ci précisent des éléments de qualité, des paramètres, le nombre d'années de suivi et la fréquence des contrôles par année de suivi, les éléments de qualité biologique pertinents par type d'eaux de surface, les substances de l'état chimique et les polluants spécifiques de l'état écologique, les substances pertinentes à surveiller ainsi que les limites de quantifications cibles associées. Les modalités de choix des sites d’évaluation sont également précisées.


L’objectif du ce changement est d’établir une cartographie précise des eaux par bassins ou groupement des bassins et ainsi de permettre une classification qui se fera grâce à :
– un programme de suivi quantitatif des cours d'eau et des plans d'eau ;
– un programme de contrôle de surveillance de l'état des eaux de surface ;
– un programme de surveillance de l'état quantitatif des eaux souterraines ;
– un programme de contrôle de surveillance de l'état chimique des eaux souterraines ;
– un programme de contrôles opérationnels de l'état des eaux de surface ;
– un programme de contrôles opérationnels de l'état chimique des eaux souterraines ;
– un programme de contrôles d'enquête ;
– des contrôles effectués dans les zones inscrites au registre des zones protégées, y compris les contrôles additionnels requis pour les captages d'eau de surface et les masses d'eau comprenant des zones d'habitat et des zones de protection d'espèces….