Suite à un recours de la Ligue pour la Protection des Oiseaux datant du 6 février 2017, le Conseil d’Etat a jugé le 9 mai 2018 que le délai raisonnable au cours duquel le chef du gouvernement aurait dû prendre le décret en question était dépassé. Il l'a donc mis en demeure de prendre les mesures réglementaires nécessaires avant le 9 novembre 2018, sous astreinte de 500€ par jour de retard. Pour la Haute juridiction, « le Premier ministre n'a pas exercé sa compétence pour déterminer la liste limitative des habitats naturels à protéger au titre de l'article L. 411-1 du Code de l’environnement ».

Pour rappel, l’article L. 411-1 du Code de l’environnement prévoit, depuis sa modification par la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 « pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages », que les préfets peuvent prendre trois types d’arrêtés de protection :
– des arrêtés de protection des biotopes, destinés à protéger les habitats des espèces protégées (articles R. 411-15 et suivants du Code de l’environnement) ;
– des arrêtés de protection des sites d’intérêt écologique ou « géotopes », faisant l’objet du décret d’application n°2015-1787 du 28 décembre 2015, créant les articles R. 411-17-1 et suivants du code de l’environnement ;
– des arrêtés de protection des habitats naturels, visant à protéger tout habitat naturel sans pour autant qu’il constitue l’habitat d’espèces protégées. Ce dernier outil n’avait pas fait l’objet de décret d’application depuis 2010.

Soumis à consultation publique depuis le 23 août et jusqu’au 19 septembre sur le site du ministère de la Transition écologique et solidaire, le projet de décret « relatif à la protection des biotopes, des habitats naturels et fixant les conditions d’application de l’article 124 » de la loi Grenelle 2 du 12 juillet 2010, a pour objet de compléter ce dispositif de protection de la biodiversité.
D'une part, il étend le champ d’application de la procédure de protection des biotopes, aujourd’hui limité aux milieux naturels, à des milieux d’origine artificielle.
L'article R.411-15 du Code de l'environnement serait ainsi modifié, aux termes de l’article 1 du projet de décret, afin qu’un arrêté de protection de biotope puisse protéger un habitat,  y compris un habitat en milieu artificiel, i.e. « bâtiments, ouvrages, mines et carrières dans les conditions définies ci-après, ou tous autres sites bâtis ou artificiels, à l'exception des habitations et des bâtiments à usage professionnel. »
D’autre part, ce projet de décret donne la possibilité aux préfets de prendre des arrêtés de protection pour des habitats naturels en tant que tels, sans qu’il soit besoin d’établir qu’ils constituent par ailleurs un habitat d’espèces protégées.
Seront insérés les articles R.411-17-7 et R.411-17-8 dans le Code de l’environnement, aux termes de l'article 2 dudit projet de décret, afin d’organiser la procédure de protection des habitats naturels, y compris pour les espèces non protégées.