Le Conseil d’Etat avait rendu un arrêt le 26 juin 2015 dans lequel il a jugé que les dispositions du décret du 2 mai 2012 sur l’évaluation environnementale des plans et programmes n’étaient pas conformes à la directive 2011/92/UE du Parlement et du Conseil du 13 décembre 2011 concernant l’évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l’environnement.

En effet, le Conseil d’Etat a relevé que les dispositions de droit interne confiaient à la même autorité la compétence pour élaborer et approuver un certain nombre de plans et de programmes ainsi que la compétence consultative environnementales pour ceux-ci, sans toutefois prévoir de disposition de nature à garantir que la seconde compétence citée soit exercée, au sein de cette autorité, par une entité disposant d’une autonomie effective.

Cependant, ce constat fait, le Conseil s’est par la suite interrogé sur les conséquences de la remise en cause de la légalité des plans et programme adoptés sur le fondement du décret de 2012, entraînant un risque pour l’environnement, et s’est demandé s’il était envisageable de prévoir que l’annulation partielle de ce texte ne puisse prendre effet qu’à compter du 1er janvier 2016 et que « sous réserve des actions contentieuses engagées à la date de la décision de renvoi contre les actes pris sur son fondement, les effets produits par les dispositions du décret attaqué antérieurement à son annulation puissent être considérés comme définitifs ».

Dans ces conditions, la haute juridiction a décidé de surseoir à statuer et de poser une question préjudicielle à la Cour de Justice de l’Union Européenne.
Celle-ci répond, dans un arrêt du 28 juillet 2016, qu’ « une juridiction nationale peut, lorsque le droit interne le permet, exceptionnellement et au cas par cas, limiter dans le temps certains effets d’une déclaration d’illégalité d’une disposition du droit national qui a été adoptée en méconnaissance des obligations prévues par la directive 2001/42/CE (…) relative à l’évaluation des incidences de certains plans et programmes sur l’environnement, (…) à la condition qu’une telle limitation s’impose par une considération impérieuse liée à la protection de l’environnement et compte tenu des circonstances spécifiques de l’affaire dont elle est saisie. »

Cependant, la Cour rappelle les conditions dans lesquelles peut être exercée cette faculté exceptionnelle, conditions qui avaient été posées dans l’arrêt du 28 février 2012 Inter-environnement Wallonie et Terre Wallone, à savoir :
- La disposition attaquée doit constituer une mesure de transposition correcte du droit de l’Union en matière de protection de l’environnement ;

- L’adoption et l’entrée en vigueur d’une nouvelle disposition du droit national ne permet pas d’éviter les effets préjudiciables sur l’environnement découlant de l’annulation de la disposition du droit national attaquée ;

- Cette annulation crée un vide juridique entraînant une protection moindre de l’environnement ;

- Le maintien des effets de la disposition attaquée ne couvre que la durée « strictement nécessaire » à l’adoption des mesures permettant de remédier à l’irrégularité relevée.

La Cour précise par la suite que dans un cas tel que celui soulevé par la Conseil d’Etat, une juridiction nationale dont les décisions ne sont plus susceptibles d’un recours juridictionnel est en principe tenue de la saisir afin de savoir si le maintien provisoire des dispositions internes est possible. Cependant, cette obligation peut être levée si elle démontre « qu’aucun doute raisonnable n’existe, quant à l’interprétation et à l’application des conditions qui ressortent de l’arrêt du 28 février 2012 Inter-environnement Wallonie et Terre Wallone ».

Ainsi, afin d’assurer la conformité du droit français avec le droit de l’Union, l’ordonnance n°2016-1058 du 3 août 2016 ainsi que le décret n°2016-1110 du 11 août 2016 ont été adoptés dans le but de compléter et d’actualiser les règles en matières d’évaluation environnementale.