Selon Sophie Fantoni Quinton, universitaire, la force du projet de loi El Khomri en matière de santé au travail projet provient de la réaffirmation de la mission des médecins du travail de prévention et de préservation de la santé des salariés. En ce sens la loi prévoit des propositions de protection des salariés, une « harmonisation des règles relatives à l’inaptitude qu’elle soit d’origine professionnelle ou non permettant d’offrir des garanties nouvelles aux salariés déclarés inaptes à la suite d’un accident ou d’une maladie non professionnelle et la réaffirmation du principe de suivi individuel des salariés partagé entre professionnels de santé membres de l’équipe pluridisciplinaire ».
Cependant l’article 44 de la loi sur la modernisation de la médecine du travail suscite la colère des professionnels qui y voient une dénaturation de leur rôle et un danger pour les droits des salariés. Désormais, le salarié aurait droit à une « visite d’information et de prévention effectuée après l’embauche » par un membre du service de santé au travail, pas forcément médecin. Puis, il ferait l’objet « d’un suivi individuel de [son] état de santé effectué par le médecin du travail » et par son équipe. Le rythme de ces rencontres de suivi n’est pas encore fixé, mais il pourrait être de cinq ou six ans. Il ai donc mis fin au dispositif de visite médical lors des embauches et des avis sur l’aptitude des salariés à pouvoir exécuter leur travail.
De plus la loi prévoit qu’un salarié « affecté à un poste présentant des risques particuliers pour sa santé ou sa sécurité, celles de ses collègues ou de tiers évoluant dans l’environnement immédiat de travail » serait soumis à un contrôle médical renforcé. Une disposition critiquée par les syndicats qui arguent qu’un salarié malade cherchera à dissimuler sa maladie de peur de perdre son emploi.
Pour Bernard Salengro, président du syndicat des cadres CFE-CGC Santé au travail, ce texte « va éloigner les salariés des médecins du travail. Ceux-ci ne pourront plus repérer les nouveaux maux tels que les risques psychosociaux, le burn-out, etc., ni proposer des solutions ou témoigner de ce qui se passe dans les entreprises ».