À l’heure où l’agro-écologie se développe, le débat autour des organismes génétiquement modifié n’est pas clos, que ce soit à l’échelle nationale ou européenne.

Un organisme génétiquement modifié (OGM) est un organisme dont le matériel génétique, c’est-à-dire l’ensemble de gènes, a été modifié afin de lui conférer une caractéristique nouvelle. Cette définition, assez générale, a été complétée par de nombreux textes législatifs. Ainsi, la directive 2001/18/CE du 12 mars 2001 relative à la dissémination volontaire d’organismes génétiquement modifiés dans l’environnement définit un OGM comme « un organisme, à l’exception des êtres humains, dont le matériel génétique a été modifié d’une manière qui ne s’effectue pas naturellement par multiplication et/ou par recombinaison naturelle ». L’état transgénique n’existe donc pas à l’état naturel.

Actuellement, il n’est pas possible, que ce soit en France ou dans l’Union européenne, de commercialiser des organismes génétiquement modifiés sans qu’ils n’aient fait l’objet d’une autorisation préalable de mise sur le marché. Au niveau européen, l’évaluation des risques de ces organismes est confiée à l’Autorité européenne de sécurité sanitaire des aliments (EFSA). En France, la loi du 25 juin 2008 relative aux organismes génétiquement modifiés à créé le Haut Conseil des biotechnologies qui, aux côtés de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, est chargé d’évaluer les risques des demandes d’autorisation de mise sur le marché.

Le mardi 13 janvier 2015, les eurodéputés ont adopté, à une large majorité, un amendement permettant à un pays de l’Union de s’opposer à la culture de ces organismes génétiquement modifiés sur son territoire quand bien même une autorisation de mise sur le marché aurait été délivrée à l’échelle européenne. Jusqu’à présent, la procédure d’homologation des organismes génétiquement modifiés était longue et complexe en Europe, elle reposait à la fois sur la directive 2001/18/CE du 12 mars 2001 relative à la dissémination volontaire d’organisme génétiquement modifiés dans l’environnement et sur le réglement 1829/2003 du 22 septembre 2003 concernant les denrées alimentaires et les aliments pour animaux génétiquement modifiés. Premièrement, aucune autorisation de mise sur le marché ne pouvait être délivrée sans l’accord de l’EFSA qui était chargée d’évaluer, au par cas, les risques possibles pour la santé publique et l’environnement. Dans un second temps, la Commission européenne devait soumettre sa décision au vote des Etats membres réunis lors des conseils européens. Pour qu’une autorisation de mise sur le marché soit validée, il était nécessaire qu’une majorité qualifié ait été obtenue. Si tel était le cas, les Etats pouvaient s’y opposer en faisant jouer une clause de sauvegarde ou une mesure d’urgence visant à interdit, sur leur territoire, la présence de cet OGM. Les Etats, qui devaient fonder leur mesures sur des motifs environnementaux et sanitaires, se retrouvaient face à une procédure très fragile juridiquement. De plus, cette situation entrainait de nombreux blocages et débats entre les Etats pro (dont le Royaume-Uni et l’Espagne) et contre OGM (parmi lesquels la France et l’Autriche). En conséquence, seul le maïs MON810 de Monsanto était cultivé sur le territoire européen.

Désormais, l'autorisation des OGM relèvera directement de la Commission européenne qui prendra sa décision après avis de l’autorité européenne de sécurité des aliments. Le changement majeur réside en ce que tout Etat membre pourra demander à être exclus de la demande d’autorisation ou de mise sur le marché. Les motifs de refus des Etats membres pourront s’appuyer sur des motivations très variées puisqu’il pourra s’agir aussi bien de considération économiques, d’aménagement du territoire ou encore de politique environnementale et agricole. En revanche, les Etats réfractaires ne pourront pas interdire le transit sur leur territoire des OGM autorisés par l’Union européenne. Ce texte n’a pas fait l’unanimité auprès des écologistes qui trouvent qu’elle ouvre la voie à la culture d’OGM à travers le continent. Corinne Lepage dénonce cette nouvelle réforme et déclare qu’accepter «la possibilité d’interdire des OGM sur des bases aussi fragiles serait un véritable marché de dupes et la porte ouverte à la contamination de l’agriculture européenne ».