La transposition de certaines Directives Européennes impose parfois aux Etats membres la communication de l’ensemble des mesures réalisées, permettant ainsi de rendre compte de l’avancement des politiques engagées dans le but de satisfaire aux exigences européennes. Par exemple, à travers son calendrier la Directive Cadre sur l’eau exige aux Etats membres de renseigner à la Commission Européenne, les mesures chimiques et écologiques effectuées sur chacune de leur masse d’eau. En effet, l’Etat doit produire des mesures à la fois biologiques, physico-chimiques, chimiques ainsi que des critères de descriptions morphologiques. Cependant, malgré les mises en garde répétée de la Commission, à l’heure actuelle la France n’a pas encore était en mesure de fournir à cette dernière la totalité de ces mesures. D’autre part, la Commission exprime également dans son rapport de 2012 que les seules mesures qui ont pu lui être transmises par la France sont peu claires et précises.
Cette situation a alors amené la Commission Européenne mais également la Cour des comptes, à remettre en doute la fiabilité des données transmises par la France dans le cadre de la mise en œuvre de la DCE. La Cour des comptes a ainsi procédé le 8 septembre 2001, au contrôle de la politique française de l’eau.

Suite à ce contrôle, la Cour des comptes a publié le 12 février 2013 un rapport annuel qui a permit de mettre en évidence un certains nombres de dysfonctionnements. Celle-ci remet en cause la fiabilité du système d’information sur l’eau (SIE), pour lequel l’ONEMA à l’entière responsabilité.
Le SIE est un dispositif introduit par la LEMA de 2006, destinés à la collecte et le stockage des données sur l’eau et les milieux aquatiques. Ce dernier permet de réunir l’ensemble des mesures qui ont pu être réalisées dans le domaine de l’eau, mais également des données de tout autre type (règlementaire …). Cependant, le réel objectif de la création de ce dispositif est de pouvoir assurer la totale transparence de la mise en œuvre de la politique sur l’eau. Pour ce faire, les données ainsi récoltées doivent faire l’objet de la plus grande diffusion. Ces dernières doivent être rendues accessibles aux services de l’Etat, aux professionnels mais également au grand public par l’intermédiaire de banques de données élaborées par l’ONEMA. Le SIE permet ainsi de se conformer aux exigences de la Convention d’Aarhus, laquelle reconnait le droit a chaque citoyen, d’être informé, concerté et de participer activement à la mise en œuvre des politiques en matière environnementale. Par ailleurs, le SIE doit permettre le rapportage aux autorités nationales et communautaires de l’avancement de la politique de l’eau.

Néanmoins, dans la pratique il n’existe pas de moyen d’accès à ces données. En effet, le rapport de mesure comprenant l’ensemble des analyses à réaliser sur chaque masse d’eau dans le cadre de la DCE, n’est pas accessible. C’est ce qu’a pu remarquer la Cour des Comptes lors de son contrôle. Elle considère ainsi, que « la gestion du système d’information est défaillante ». Par ailleurs, elle a également constaté « des absences de fiabilité des comptes », « d’un budget mal maîtrisé sans procédure formalisées d’engagement de la dépense », mais également des « irrégularités constitutives d’infractions pénales » en ce qui concerne l’ONEMA (fraude de passation, faux et usages de faux etc.)
Face à la gravité de la situation, la Cour des Comptes à fait le choix lors de la délibération de la 7e chambre, de saisir la Cour disciplinaire budgétaire et financière aux regards des faits constatés ; puis a transmis le dossier au parquet général. Aussi, Delphine Batho, ancienne ministre de l’écologie, a indiqué lors d’un communiqué de presse que le SIE fera l’objet d’un audit qui permettra de rendre compte de sa fiabilité ou non.

L’article 124-3 du code de l’environnement dispose que « toute personnes qui en fait la demande, reçoit communication des informations relatives à l’environnement détenus par : 1° l’Etat, les collectivités territoriales et leur groupement, les établissements publics, 2° les personnes chargés d’une mission de service public en rapport avec l’environnement, dans la mesure où ces informations concernant l’exercice de cette mission ». De même, l’article 7 de la charte de l’environnement introduite à la Constitution française depuis 2004, affirme également le principe selon lequel chaque citoyens « a le droit d’accéder aux informations relatives à l’environnement détenus par les autorités publiques […] ». Alors, aux regards d’un grand nombre de principes ayant valeur constitutionnelle, l’inaccessibilité des données sur l’eau constitue une entrave manifeste à l’accès à l’information.