La Directive Cadre sur l’eau a modernisé en profondeur, le cadre de la politique communautaire de l’eau. Elle a fixé à l’échelle européenne un nouvel objectif, le bon état des masses d’eaux en 2015. Dans le but d’atteindre pleinement cet objectif, elle préconise la restauration de l’état écologique et chimique des masses d’eau de surface, mais également la réduction des rejets de substances dangereuses prioritaires. Dans cet élan d’innovation, elle a également introduite de nouvelle notion qui n’existait pas en droit de l’environnement.
Une fois la directive adoptée, les Etats membres ont été chargé de mettre en œuvre efficacement, les actions visant à atteindre les objectifs qu’elle a fixés.

En droit français nous avons une vision hiérarchique des normes juridiques, c’est ce que l’on appel la hiérarchie des normes, notion développé par le théoricien du droit Hans Kelsen. Ce principe suppose que chacune des normes juridiques en vigueur, doit se conformer à celles ayant une force supérieure dans la hiérarchie. Ainsi, les traités, directives et règlements européens ont une valeur juridique supérieure aux lois françaises. D’ailleurs, l’article 55 de la constitution rappel que « les traités ou accords régulièrement ratifiés ou approuvés ont, dès leur publication, une autorité supérieure à celle des lois, sous réserve, pour chaque accord ou traité, de son application par l'autre partie. »

En respect de cette hiérarchie des normes, la politique de l’eau menée depuis plusieurs décennies sur le territoire français doit donc se conformer à la Directive cadre sur l’eau. Cela implique l’adoption de nouvelles dispositions, ce qui va considérablement faire évoluer la législation français relative aux cours d’eau.
La directive Cadre sur l’eau fût transposée en droit français par la loi n° 2004-338 en date du 21 avril 2004. Transposition qui s’est opérée tardivement.
Dans le cadre de cette transposition, la notion de « restauration de la continuité écologique » des cours d’eau, semble attirer toute l’attention de la France. La continuité écologique fait partie de ces concepts ayant totalement été conçu par la DCE, et qui n’existait pas en droit de l’environnement. Elle constitue l’une des mesures, très brièvement évoqué dans la DCE, pour assurer le bon état des eaux en 2015. Effectivement, la DCE préconise fondamentalement une action de restauration du bon état écologique et chimique des cours d’eau, ainsi qu’une réduction des rejets des substances dangereuses, pour atteindre l’objectif de bon état. Et pourtant la France, a fait le choix de centrer sa politique de l’eau autour de la restauration de la continuité écologique pour atteindre les exigences européennes.

Malgré l’adoption de la loi portant transposition de la DCE en 2004, c’est la loi sur l’eau et les milieux aquatiques qui à véritablement transcrit les exigences européennes en droit français.
La Loi sur l’eau et les milieux aquatique (dite LEMA) n° 2006-1772, a été promulguée le 30 décembre 2006 et publiée au Journal Officiel le 31 décembre 2006. Elle est codifiée aux articles L 210-1 et suivants du code de l’environnement. Dans la continuité de l’action nationale, elle améliore et reconnaît en premier lieu dans son article 1 « le droit à l’eau pour tous ».
Elle rénove ensuite le cadre législatif de la gestion de l’eau, bâti par les lois sur l’eau de 1964 et de 1992. Le but de cette modernisation est de répondre aux enjeux de la politique européenne, à savoir : l’obligation d’atteindre le bon état des eaux d’ici 2015. Pour se faire, la LEMA :
- modifie les compétences et le financement des agences financières, devenue désormais les « agences de l’eau ».
- elle créée l’ONEMA (qui se substitue au Conseil Supérieur de la pêche), prenant en charge la surveillance des cours d’eau et la mise en œuvre d’un système d’information sur l’eau (SIE). Le SIE est un dispositif assurant la collecte, la sauvegarde et la diffusion des données sur l’eau au public.
- elle révise et renforce les classements des cours d’eau qu’elle introduit désormais à l’article L 214-17 du code de l’environnement, pour les adapter aux exigences communautaires.
- plus particulièrement, elle préconise la restauration de la continuité écologique des cours d’eau pour atteindre le bon état en 2015. La continuité écologique se définit par « la libre circulation des espèces et le bon déroulement du transport suffisant des sédiments ». Cette définition à d’ailleurs été précisé par une circulaire du 25 janvier 2010, relative à la mise en œuvre par l’Etat et ses établissements publics d’un plan national d’actions pour la restauration de la continuité écologique des cours d’eau.

A compter de cette date, la restauration de la continuité écologique va constituer le leit motiv de la politique de l’eau en France pour atteindre le bon état des cours d’eau. En effet, elle constitue également l’une des priorités du Grenelle de l’environnement.

Le Grenelle de l’environnement ayant débuté en 2007, est destiné à réunir l’ensemble des acteurs de l’environnement dans le but principal, d’adopter des réformes en faveur de l’écologie, le développement et l’aménagement durable.
A cette occasion, la problématique liée à la dégradation et à la destruction de la biodiversité terrestre et aquatique a été posée comme l’un des principaux enjeux environnementaux. Selon les chiffres de l’union internationale pour la conservation de la nature (UICN), sur 47677 espèces étudiées, 17291 sont menacées d’extinction. Cette situation est nécessairement liée à l’activité humaine jouant un rôle de fragmentions des habitats, ce qui ne permet plus aux espèces de circuler librement entre les zones de repos, d’alimentation et de reproduction, indispensable à leur survie.
Face à ce bilan catastrophique, la loi Grenelle II portant engagement national pour l’environnement a été adoptée le 12 juillet 2010. Elle met en œuvre un dispositif appelé « Trame verte et bleue », un outil d’aménagement du territoire constitué de deux composantes :
- la composante verte pour les espaces terrestres.
- la composante bleue pour les cours d’eau et les zones humides.
Définit aux articles L 371-1 et suivants du code de l’environnement, elle a pour principal objectif la préservation de la biodiversité terrestre et aquatique. Pour cela elle vise la conservation et la reconquête de la continuité écologique, mesure phare de ce dispositif. Dans ce cadre, la restauration de la continuité écologique passe avant tout par l’aménagement d’espaces naturels, appelé corridors écologiques, favorables à la libre circulation des espèces entre les différentes zones nécessaire à leur cycle de vie.
Concernant la composante bleue, les cours d’eau prioritaires pour la restauration de la continuité écologique sont :
- ceux en bon état écologique.
- ceux jouant un rôle de réservoir biologique nécessaire au maintien ou a l’atteinte du bon état écologique des cours d’eau.
- ceux qui nécessitent une protection des poissons migrateurs.
Un décret d’application en date du 27 décembre 2012 est chargé de définir ce qu’est la trame verte et bleue et de préciser sa mise en œuvre.
Il précise notemment que pour assurer une cohérence d’application de la TVB au niveau national, les mesures prises en faveur de la continuité écologique doivent être prises en compte par les schémas régionaux de cohérence écologique qui s’opère de manière conjointe entre l’Etat et la région. Les documents de planification approuvés par une loi, un décret ou un arrêté doivent eux, être compatibles avec ces orientations nationales.

L’adoption de la LEMA et de la loi Grenelle II, confirme que le dispositif de restauration de la continuité écologique des cours d’eau est réellement engagé.
Cependant, la Commission Européenne en 2012 a établit un constat négatif sur la transposition de la DCE par l’Etat français.